一种基因组酶切图谱拼接方法及系统

发明专利有效专利

申请号：
CN201510346396.X
IPC分类号：G06F19/24;G06F19/22
申请日期：
2015-06-19
申请人：
中国科学院计算技术研究所

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著录项信息

专利名称	一种基因组酶切图谱拼接方法及系统
申请号	CN201510346396.X	申请日期	2015-06-19
法律状态	授权	申报国家	暂无
公开/公告日	2015-09-30	公开/公告号	CN104951673A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	G06F19/24 ? IPC结构图谱： G 物理 G0 仪器 G06 计算；推算；计数 G06F 电数字数据处理（基于特定计算模型的计算机系统入G06N） G06F19/00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法（专门适用于特定功能的入G06F17/00；专门适用于行政、商业、金融、管理、监督或预测目的的数据处理系统或数据处理方法入G06Q；医疗信息学入G16H）〔6，2006.01，2011.01，2018.01〕 G06F19/10 生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统（放映虚拟化学库的虚拟方法入C40B 30/02；创建虚拟化学库的虚拟或数学方法入C40B 50/02）〔2011.01〕 G06F19/24 用于机器学习，数据挖掘或生物统计学的，例如：模式定位，知识发现，规则抽取，相关性，聚类或分类〔2011.01〕	IPC分类号	G;0;6;F;1;9;/;2;4;;;G;0;6;F;1;9;/;2;2查看分类表>
申请人	中国科学院计算技术研究所	申请人地址	北京市海淀区中关村科学院南路6号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	中国科学院计算技术研究所	当前权利人	中国科学院计算技术研究所
发明人	卜东波;许情;陈挺;孙世伟;李帅成;刘兴武;张仁玉;王超
代理机构	北京律诚同业知识产权代理有限公司	代理人	祁建国;梁挥

摘要

本发明涉及分子生物学领域的基因组序列拼接领域，本发明提出一种基因组酶切图谱拼接方法及系统，该方法包括对所述基因组酶切图谱中基因序列分子进行预处理操作，获取新基因序列分子，将所述新基因序列分子切成FLES片段，其中所述FLES片段为片段总长固定且无需具有相同酶切位点数目的基因片段；对所述FLES片段进行聚类，生成代表FLES集合，根据所述代表FLES集合对所述基因序列分子进行纠错；根据所述代表FLES集合与纠错后的所述基因序列分子，构建FLES图，对所述FLES图进行路径搜索，获取所述FLES图的汉密尔顿路径为所述基因组的酶切位点序列，以完成基因组酶切图谱拼接。本发明能够快速、准确地构建基因组的酶切位点图谱。

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