一种gtf文件解析方法及工具

发明专利有效专利

申请号：
CN201910198991.1
IPC分类号：G16B50/00;G06F8/41
申请日期：
2019-03-15
申请人：
南京派森诺基因科技有限公司

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法律信息

引证文献

著录项信息

专利名称	一种gtf文件解析方法及工具
申请号	CN201910198991.1	申请日期	2019-03-15
法律状态	实质审查	申报国家	中国
公开/公告日	2019-07-26	公开/公告号	CN110060742A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	G16B50/00	IPC分类号	G;1;6;B;5;0;/;0;0;;;G;0;6;F;8;/;4;1查看分类表>
申请人	南京派森诺基因科技有限公司	申请人地址	江苏省南京市江北新区浦滨路211号扬子科创中心A栋24层2401室变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	南京派森诺基因科技有限公司	当前权利人	南京派森诺基因科技有限公司
发明人	简洁;王智健;姜丽荣;孙子奎
代理机构	上海天翔知识产权代理有限公司	代理人	吕伴

摘要

本发明公开了一种gtf文件解析方法，其特征在于，包括如下步骤：初始化步骤，基因/转录本/基本结构读取步骤，基因/转录本分解步骤，基因/转录本/基本结构解析步骤。本发明还公开了一种gtf文件解析工具。本发明的有益效果在于：以基因或转录本为单位：本模块可以以基因或转录本为单位对gtf文件进行解析，将基因或转录本的子结构添加到解析结果的子节点中，使用者能对整个基因或转录本进行操作，更能满足生物信息分析的需求。占用内存少：先读取完一个基因/转录本所有行再解析，处理完这个基因/转录本后相应的内存就会被释放，不需要占用很多内存空间。功能丰富：可根据基因/转录本ID或name进行查找，多条件筛选基因/转录本/基本结构，根据子结构获得基因所在位置，获得基因外显子覆盖长度等功能。

序号	公开(公告)号	公开(公告)日	申请日	专利名称	申请人
该专利没有引用任何外部专利数据！

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