一种基因序列片段快速定位用键值索引数据压缩方法

发明专利有效专利

申请号：
CN201510648867.2
IPC分类号：G06F19/24
申请日期：
2015-10-09
申请人：
人和未来生物科技（长沙）有限公司

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引证文献

著录项信息

专利名称	一种基因序列片段快速定位用键值索引数据压缩方法
申请号	CN201510648867.2	申请日期	2015-10-09
法律状态	授权	申报国家	中国
公开/公告日	2016-01-06	公开/公告号	CN105224828A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	G06F19/24 ? IPC结构图谱： G 物理 G0 仪器 G06 计算；推算；计数 G06F 电数字数据处理（基于特定计算模型的计算机系统入G06N） G06F19/00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法（专门适用于特定功能的入G06F17/00；专门适用于行政、商业、金融、管理、监督或预测目的的数据处理系统或数据处理方法入G06Q；医疗信息学入G16H）〔6，2006.01，2011.01，2018.01〕 G06F19/10 生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统（放映虚拟化学库的虚拟方法入C40B 30/02；创建虚拟化学库的虚拟或数学方法入C40B 50/02）〔2011.01〕 G06F19/24 用于机器学习，数据挖掘或生物统计学的，例如：模式定位，知识发现，规则抽取，相关性，聚类或分类〔2011.01〕	IPC分类号	G;0;6;F;1;9;/;2;4查看分类表>
申请人	人和未来生物科技（长沙）有限公司	申请人地址	湖南省长沙市开福区青竹湖路太阳山路湖心岛2号栋变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	人和未来生物科技（长沙）有限公司	当前权利人	人和未来生物科技（长沙）有限公司
发明人	宋卓;李根
代理机构	湖南兆弘专利事务所（普通合伙）	代理人	谭武艺

摘要

本发明公开了一种基因序列片段快速定位用键值索引数据压缩方法，步骤包括：1)初始化压缩结果集合Setcomp，设置数据压缩采用的前缀长度n；2)从待压缩基因序列数据集合Setorig中取出一个待压缩的当前基因序列片段Key；3)将当前基因序列片段Key分别循环偏移0到(n‑1)次形成n个具有共同前缀的基因序列片段序列Keyr0,Keyr1,…,Keyr(n‑1)，n为前缀长度，将所有基因序列片段序列基于共同前缀和不同的循环偏移次数及后缀分别加入压缩结果集合Setcomp；4)判断待压缩数据集合Setorig是否为空，如果非空则取出下一个待压缩的当前基因序列片段Key，并跳转执行步骤2)；否则，将压缩结果集合Setcomp输出。本发明能够提高大数据量时的查询效率，具有压缩能力强、占用空间小的优点。

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