一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法

发明专利有效专利

申请号：
CN202011310367.5
IPC分类号：C12Q1/6895;C12Q1/6869;G16B30/00;G16B20/20
申请日期：
2020-11-20
申请人：
浙江省农业科学院

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著录项信息

专利名称	一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法
申请号	CN202011310367.5	申请日期	2020-11-20
法律状态	实质审查	申报国家	中国
公开/公告日	2021-03-26	公开/公告号	CN112553361A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	C12Q1/6895 ? IPC结构图谱： C 化学；冶金 C0 化学 C12 生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程 C12Q 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（免疫检测入G01N33/53）；其所用的组合物或试纸；这种组合物的制备方法；在微生物学方法或酶学方法中的条件反应控制〔3〕 C12Q1/00 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（带有条件测量或传感器的测定或试验装置，如菌落计数器入C12M1/34）；其组合物；这种组合物的制备方法〔3，2006.01〕 C12Q1/68 包括核酸〔3，2006.01，2018.01〕 C12Q1/6876 用于核酸分析的核酸产品，如引物或探针〔2018.01〕 C12Q1/6888 用于生物体的检测与识别〔2018.01〕 C12Q1/6895 用于植物、真菌或藻类〔2018.01〕	IPC分类号	C;1;2;Q;1;/;6;8;9;5;;;C;1;2;Q;1;/;6;8;6;9;;;G;1;6;B;3;0;/;0;0;;;G;1;6;B;2;0;/;2;0查看分类表>
申请人	浙江省农业科学院	申请人地址	浙江省杭州市石桥路198号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	浙江省农业科学院	当前权利人	浙江省农业科学院
发明人	吴新义;李汉美;刘庭付;吴晓花;汪颖;汪宝根;鲁忠富;李国景
代理机构	北京哌智科创知识产权代理事务所（普通合伙）	代理人	宗兵

摘要

本发明公开了一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，包括：步骤一、提取样品基因组DNA；步骤二、构建RAD文库，基因组DNA使用EcoRI酶切，利用PCR扩增法富集文库，采用琼脂糖凝胶回收目的条带，单末端进行测序；步骤三、生成原始序列并进行序列质控分析，根据序列相似性将高质量序列聚类生成RAD‑tags，将RAD‑tags聚类分群进行SNPcalling，矫正SNP基因型；步骤四、KASP标记开发与SNP基因分型。本发明方法利用基因组测序数据挖掘SNP，不仅可以鉴定出基因表达区域的SNP突变，还可以鉴定出基因内部和基因间等非编码区域的SNP突变，SNP来源更丰富。

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