一种利用计算机模拟计算蛋白质与DNA之间作用力的方法

发明专利无效专利

申请号：
CN200710112834.1
IPC分类号：G06F19/00
申请日期：
2007-09-10
申请人：
山东大学

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法律信息

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著录项信息

专利名称	一种利用计算机模拟计算蛋白质与DNA之间作用力的方法
申请号	CN200710112834.1	申请日期	2007-09-10
法律状态	权利终止	申报国家	中国
公开/公告日	2008-02-13	公开/公告号	CN101122933
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	G06F19/00 ? IPC结构图谱： G 物理 G0 仪器 G06 计算；推算；计数 G06F 电数字数据处理（基于特定计算模型的计算机系统入G06N） G06F19/00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法（专门适用于特定功能的入G06F17/00；专门适用于行政、商业、金融、管理、监督或预测目的的数据处理系统或数据处理方法入G06Q；医疗信息学入G16H）〔6，2006.01，2011.01，2018.01〕	IPC分类号	G;0;6;F;1;9;/;0;0查看分类表>
申请人	山东大学	申请人地址	山东省济南市历城区山大南路27号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	山东大学	当前权利人	山东大学
发明人	时永香;连鹏;步宇翔
代理机构	济南金迪知识产权代理有限公司	代理人	王绪银

摘要

本发明公开了一种利用计算机模拟计算蛋白质与DNA之间相互作用力的方法。该方法利用NAMD_2.6计算软件和VMD-1.8.6分析软件进行分子动力学模拟，首先将PDB数据库的蛋白质结构制成适当的研究体系，然后对该体系进行能量最小化处理，将体系加热到设定温度后，对体系进行多步平衡处理，接着对体系实施分子动力学模拟，然后标记体系中目标研究对象并对体系进行SMD模拟，最后处理和分析数据得到蛋白质与DNA之间的相互作用力变化情况，并求得它们之间的最大相互作用力。该方法测定对象范围广泛、实验材料易于制各、设备要求低并且利用率高，便于在与分子识别和基因表达行为相关的生命科学和物理化学以及医药领域广泛应用。

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