一种基于级联判决系统的CircRNA功能预测方法

发明专利有效专利

申请号：
CN201910246724.7
IPC分类号：G16B20/30;G16B20/00
申请日期：
2019-03-29
申请人：
中山大学

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专利名称	一种基于级联判决系统的CircRNA功能预测方法
申请号	CN201910246724.7	申请日期	2019-03-29
法律状态	实质审查	申报国家	中国
公开/公告日	2020-10-09	公开/公告号	CN111755070A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	G16B20/30	IPC分类号	G;1;6;B;2;0;/;3;0;;;G;1;6;B;2;0;/;0;0查看分类表>
申请人	中山大学	申请人地址	广东省广州市海珠区新港西路135号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	中山大学	当前权利人	中山大学
发明人	邓怡云;朱勉春;戴宪华
代理机构	暂无	代理人	暂无

摘要

为克服现有技术的不足，本发明的目的在于利用所提出的级联判决系统结合LightGBM方法的多分类模型对CircRNA的功能进行预测。本发明所采用的技术方案主要步骤是：(1)将大数据样本的CircRNA以(.bed)文件形式输入。(2)将CircRNA(.bed)文件根据起始位点等相关信息映射，得到CircRNA序列信息(.fasta)文件。(3)提出了一种特征提取和融合的方法，提取CircRNA特征。(4)提出A类判决系统，对编码型CircRNA进行功能预测。(5)利用LightGBM算法对其他CircRNA进行预测。(6)根据lightGBM算法的多分类模型，利用其中的核心算法GOSS、EFB分别进行样本数据的采样和特征抽样，用Histogram‑based算法将连续的特征映射到离散的buckets中，将连续变量离散化。(7)通过调整树的最大深度、叶子最小记录数、每次迭代时用的数据比例等参数，获取模型最佳参数。

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