基于碱基片段编码和蚁群算法的RNA序列二级结构预测方法

发明专利无效专利

申请号：
CN200910218023.9
IPC分类号：C12Q1/68;G06F19/00
申请日期：
2009-12-16
申请人：
吉林大学

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法律信息

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著录项信息

专利名称	基于碱基片段编码和蚁群算法的RNA序列二级结构预测方法
申请号	CN200910218023.9	申请日期	2009-12-16
法律状态	撤回	申报国家	中国
公开/公告日	2010-06-02	公开/公告号	CN101717822A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	C12Q1/68 ? IPC结构图谱： C 化学；冶金 C0 化学 C12 生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程 C12Q 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（免疫检测入G01N33/53）；其所用的组合物或试纸；这种组合物的制备方法；在微生物学方法或酶学方法中的条件反应控制〔3〕 C12Q1/00 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（带有条件测量或传感器的测定或试验装置，如菌落计数器入C12M1/34）；其组合物；这种组合物的制备方法〔3，2006.01〕 C12Q1/68 包括核酸〔3，2006.01，2018.01〕	IPC分类号	C;1;2;Q;1;/;6;8;;;G;0;6;F;1;9;/;0;0查看分类表>
申请人	吉林大学	申请人地址	吉林省长春市前进大街2699号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	吉林大学	当前权利人	吉林大学
发明人	刘元宁;余军;王刚;张浩;高娜;张晓旭;王俊勇
代理机构	长春吉大专利代理有限责任公司	代理人	邵铭康;朱世林

摘要

基于碱基片段编码和蚁群算法的RNA序列二级结构预测方法属生物信息学研究领域，本发明将RNA序列重新编码，根据编码表和编码关联表中的对应值得到相应的编码序列，由完全匹配表和不完全匹配表，并通过“向右延伸”的策略剔除冗余茎区，得到所有可能的有用的茎区集合，然后给出蚁群算法中二维的启发式信息、初始茎区和下一茎区的选取规则，以及信息素更新策略，构造所有可能的茎区集合的相容子集，最终得到自由能最小的二级结构；本发明能快速、准确、有效地预测不包含假结的RNA序列的二级结构，并将所得结果以括号法模式输出，对RNA序列二级结构预测在敏感性和特异性方面，均优于目前主流预测技术。

序号	公开(公告)号	公开(公告)日	申请日	专利名称	申请人
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