基于NGS读段与参考序列比对的虚拟PCR方法

发明专利有效专利

申请号：
CN201811062698.4
IPC分类号：C12Q1/6869;G16B30/10
申请日期：
2018-09-12
申请人：
山东省农作物种质资源中心

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专利名称	基于NGS读段与参考序列比对的虚拟PCR方法
申请号	CN201811062698.4	申请日期	2018-09-12
法律状态	实质审查	申报国家	中国
公开/公告日	2019-02-12	公开/公告号	CN109321646A
优先权	暂无	优先权号	暂无
主分类号	C12Q1/6869 ? IPC结构图谱： C 化学；冶金 C0 化学 C12 生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程 C12Q 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（免疫检测入G01N33/53）；其所用的组合物或试纸；这种组合物的制备方法；在微生物学方法或酶学方法中的条件反应控制〔3〕 C12Q1/00 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法（带有条件测量或传感器的测定或试验装置，如菌落计数器入C12M1/34）；其组合物；这种组合物的制备方法〔3，2006.01〕 C12Q1/68 包括核酸〔3，2006.01，2018.01〕 C12Q1/6869 测序方法〔2018.01〕	IPC分类号	C;1;2;Q;1;/;6;8;6;9;;;G;1;6;B;3;0;/;1;0查看分类表>
申请人	山东省农作物种质资源中心	申请人地址	山东省济南市历城区工业北路202号变更专利地址、主体等相关变化，请及时变更，防止失效
权利人	山东省农作物种质资源中心	当前权利人	山东省农作物种质资源中心
发明人	段乃彬;马玉敏;王效睦;杨永义;白静;谢坤;宫永超
代理机构	济南诚智商标专利事务所有限公司	代理人	韩百翠

摘要

本发明公开了一种基于NGS读段与参考序列比对的虚拟PCR方法。该方法先基于NGS测序技术对试验样品全基因组进行一次深度较高的高通量测序，获得覆盖全基因组的海量测序读段；再结合生物信息学方法，以被研究的目标基因片段S1作为参考序列，将试验样品的测序读段与之进行严谨比对，并在程序中转化成目标基因片段S1在本样品对应的同源序列S2，虚拟PCR完成。该方法可延长的最大片段为200k甚至更高，远高于WetLabPCR中酶与反应体系的限制；其只需要一小时即可完成5k碱基的比对与序列再生，缩短了实验周期；结合中间程序，可同时统计SNP和其他变异的情况，同步可完成映射比对和变异统计。

序号	公开(公告)号	公开(公告)日	申请日	专利名称	申请人
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